Pada akhir 2017 pemerintah telah menerbitkan peraturan presiden nomor 116 tahun 2016 tentang pembubaran beberapa lembaga non struktural, salah satunya Komisi Nasional Pengendalian Zoonosis yang menjadi acuan pembentukan wadah koordinasi lintas sektor dipusat dan daerah. Perpres yang terdiri dari 6 (enam) pasal tersebut mengamanatkan* sebagai berikut :

Pasal 1 : Membubarkan Komisi Nasional Pengendalian Zoonosis

Pasal 2 : Pelaksanaan tugas dan fungsi KNPZ oleh Kemenko PMK

Pasal 3 : Pengalihan pembiayaan, pegawai, perlengkapan dan dok

Pasal 4 : Pendanaan pembubaran

Pasal 5 : Pencabutan Perpres 30/2011

Pasal 6 : Penempatan pada lembaran negara